是的，有协议并不等于离婚已经生效或合法。
协议只是双方达成一致的意见，但离婚必须获得法律程序的认可，而离婚证是法律认定离婚的有效证明。
在中国，离婚必须进行司法程序，包括律师调解、民事诉讼或者仲裁等。在经过法律程序的审核，判决达成后，方可开具离婚证。同时，离婚证还必须在婚姻登记机关进行备案，才能够完全生效。
另外，如果离婚涉及夫妻财产分割、子女抚养等问题，协议只是双方初步达成的协商，还需要经过法律的审核和确认，才能够确认是否合法有效。
因此，有协议并不代表离婚已经生效或合法，离婚证是离婚最终生效的证明。同时，离婚协议只是初步的协商，还需要经过法律程序的确认，才能有效保障当事人的权利和合法性。
