同事协议离婚在法律上是否有效要看具体情况。如果双方在签订协议时已经咨询了知情律师并经过法律程序认可，则同事协议离婚是具有法律效力的。
若双方离婚时没有经过法律程序或协议内容存在违法情况，则同事协议离婚就没有法律效力。如果协议中的内容违反法律规定，比如没有合理分配夫妻共同财产或没有考虑未成年子女的权益问题，那么同事协议离婚可能会被法院判定为无效。
如果同事协议离婚存在争议，最好的方法是向法院申请离婚。这样不仅能够保障自己的权益，还能够保障未成年子女的合法权益。在法院审理期间，双方可以就办理离婚事宜进行协商，如果协商达成一致，则可以在法院审理情况下，也可以达成有效协议。
总之，同事协议离婚有一定的法律效力，但要注意约定的内容是否合法、获得知情律师等问题，以免造成不利后果。如果存在争议最好通过法院程序解决，确保离婚程序合法并且可以保障双方及未成年子女的权益。
