在中国，离婚协议是具有法律效力的合同，双方当事人应该按照法律规定的程序签订协议，并向有关机关进行备案。然而，备案的机构并不是司法局，而是民政局。
根据《中华人民共和国婚姻法》第三十一条规定，离婚协议应当由双方当事人自愿协商一致，并经过调解，如果协议不违反法律规定，不损害第三人利益，那么就可以成为离婚的依据。经过双方当事人签字、公证、民政部门备案后，离婚协议就具有法律效力。
因此，根据以上规定，离婚协议的备案由民政局负责。民政局是政府的民政行政管理机关，主要负责社会福利、家庭关系等方面的管理工作，其中包括了婚姻登记、离婚登记、离婚协议备案等事项。因此，在离婚时，双方当事人可以在司法局进行调解和处理争议的工作，但是离婚协议的备案还是需要由民政局来完成。
在实际操作中，需要注意的是，如果双方当事人在离婚协议签订后，有一方不履行协议的情况出现，那么对方可以向人民法院起诉，要求执行离婚协议。因此，在离婚过程中，建议双方当事人认真阅读协议条款，明确权利义务，确保签订协议的合法性和有效性，以免出现后期的纠纷。
总之，离婚协议是离婚的终止方式之一，协议备案需要由民政局负责。双方当事人在进行离婚协商和协议签订时，应遵守法律规定，确保协议合法有效。
