离婚后协议的股份问题是一个比较关键的问题。具体处理方式需要根据离婚协议中的条款、股份归属、财务情况等多种因素来决定。以下是常见的几种处理方式：
1. 股份分割。如果夫妻离婚后，双方都持有一定数量的股份，可以协商将股份进行分割。分割股份的比例可以按照夫妻离婚协议中规定的比例来进行分配，也可以通过互相协商的方式进行划分。经过协商达成协议后，股份分配方案可以在离婚协议中进行确认。
2. 股份转让。如果夫妻离婚协议中明确规定某一个人将持有全部或大部分的股权，这个人可以直接向另一个人转让股份。转让股份时需要注意合法性、手续及税务问题。
3. 共同持有股份。如果离婚协议中或者股东协议中规定股权应该由夫妻双方共同持有，那么除非股东协议中有规定可以解除夫妻共有的股份，否则离婚后两人仍然持有该股份。如果股份对公司决策产生影响，则需要协商如何处理夫妻之间的矛盾。
无论采取何种方式，处理股份问题需要严格遵循法律规定，而且应该权衡离婚协议的条款、公司制度、税务等多种因素，始终以保障自己和公司的利益为前提。
