深圳市修改离婚协议需要按照法定程序进行，具体步骤如下：
第一步：协议双方协商
离婚协议是夫妻双方达成的协商协议，如果需要修改协议，需要双方再次协商，并达成新的共识。如果达成共识，继续进行下一步；如果达不成共识，则可以通过法律程序解决。
第二步：起草修改协议书
协商达成新的共识后，需要起草修改协议书，包括新的协议内容和签字确认等。起草修改协议书时需要注重文字表述的详细和准确，以避免产生二次矛盾。
第三步：提交司法部门
完成修改协议书后，需要将之提交给相关司法部门进行审核和确认，如法院等。审核时需要按照程序进行，确认修改协议书符合法律规定，合法有效，并在一定时间内公示。
第四步：签署新协议
司法部门确认修改协议书合法有效后，需要双方签署新的协议书，并按照相关要求进行公证等手续。
以上是深圳市修改离婚协议的一般程序，如果遇到特殊情况，需要根据具体情况进行适当调整。建议当事人在修改离婚协议时，注重协商和沟通，尊重对方的权益和利益，避免产生不必要的纠纷和矛盾。
