在离婚协议中，涉及到夫妻共同经营的店铺归属问题时，应该按照以下流程和步骤进行协商和约定。
第一步：明确店铺的情况和归属
需要明确店铺的具体情况和归属情况，包括店铺的名称、地址、经营状况、市场前景等信息。然后根据店铺的实际情况，协商并确定店铺属于哪一方。
第二步：商定店铺的评估价值
由专业的评估机构对店铺进行评估，确定其价值。这一步是为了避免在分割财产的时候发生争议，确保双方在离婚协议中对店铺的归属有相同的理解和认识。
第三步：确定双方的份额和分配方式
根据评估结果和协商结果，确定双方在店铺中的份额和分割方式。具体的分割方式可以根据协商达成，如分割百分比、分割店铺资产、协商认购等等方式。
第四步：法律申明
在离婚协议中需要进行法律申明，明确店铺归属的表述和协商结果，确保双方在法律意义上的权利责任有明确的界定和约束力。
最后，需要注意的是，离婚协议是一项非常重要的法律文件，涉及到双方在物质财产分配、抚养子女、赡养老人等方面的权利和义务。因此，在协商和签署离婚协议之前，双方应该仔细考虑和沟通，并寻求法律和专业的意见和建议，以确保协议的合法性和公正性。
