农村宅基地上建有房屋，一般情况下是符合法律法规的规定的，但也存在一些问题需要注意和处理。
首先，宅基地和房屋的产权和使用权要清晰。宅基地属于集体土地，而房屋属于个人私有财产，必须分别登记颁证，确保产权和使用权的合法性和清晰化。
其次，如果宅基地上的房屋存在建设违法问题，需要及时进行整改或拆除。具体可以向当地土地管理部门咨询，了解相关政策和规定，并按照规定进行整改或拆除。
另外，如果农村宅基地上的房屋需要进行土地流转或者房屋买卖，需要办理相关手续，确保交易合法性和权益保障。
总之，在处理农村宅基地上建有房屋的问题时，需要遵循法律法规和相关政策，确保产权和使用权的清晰化和合法性，同时注意建设合法性和土地流转、买卖等方面的问题，以免造成不必要的麻烦和损失。
