协议离婚是指夫妻双方经过协商、协议、签署离婚协议书，经法院同意离婚的一种方式。在协议离婚中，夫妻双方是平等的协商离婚，因此，协议离婚中如何申请补偿财产也需要依据具体情况来决定。
首先，夫妻双方协商在离婚协议中明确双方财产的归属问题，包括婚前财产、共同财产和个人财产等。如果夫妻双方在协商中没有就补偿财产达成一致，那么可以通过以下几种方式来申请补偿财产：
1. 通过法院调解：如果双方在协议离婚中无法就补偿财产达成一致，可以向当地法院申请调解。法院会依据具体情况进行调解，并制定补偿财产的方案。
2. 通过律师协商：如果双方情况比较简单，可以通过律师协商的方式来解决。律师会帮助夫妻双方平等协商，制定有利于双方的补偿财产方案。
3. 通过独立第三方评估：如果双方在协商中无法就财产价值达成一致，可以通过独立第三方评估财产价值，并依据评估结果来制定补偿方案。
总之，在协议离婚中，夫妻双方需要平等协商，制定有利于双方的离婚协议。对于补偿财产的问题，可以通过法院调解、律师协商和独立第三方评估等方式来解决。最终的原则是要求合理、公平，尽可能保证双方利益均衡。
