如果在离婚协议签订时，当事人没有将补办离婚证书写入协议，那么在离婚协议生效后需要去民政部门进行补办。
具体的办理流程包括：
1. 准备相关资料。需要提供夫妻双方的身份证、户口簿以及离婚协议等相关证件和材料。
2. 前往当地的民政部门。由于不同的地区有不同的规定，因此前往当地的民政部门了解具体的办理流程。
3. 填写申请表格。在民政部门填写相关的申请表格，需要将离婚协议等证件递交给民政部门。
4. 支付相关费用。在进行办理的过程中，需要支付一定的相关费用。
5. 等待审批。待民政部门进行审核之后，如果符合相关规定，就会进行相关的证件发放。
需要注意的是，如果在离婚协议生效后一段时间内没有及时进行补办，可能会加重很多不必要的麻烦。因此建议尽快前往民政部门进行办理，以免影响到自己的正常生活。
