协议离婚要分居半年的主要原因是为了保障夫妻双方的权益和避免莫名其妙的离婚。协议离婚是指夫妻双方在婚姻关系出现问题时，通过协商达成一致意见，以和平、友好方式结束婚姻关系。这种方式相对于争取离婚的方式来说，可以减少很多不必要的矛盾和纠纷，并且在一定程度上保护夫妻双方的利益。
分居半年的要求，一方面是为了防止短期内的冲动行为，另一方面也是为了让夫妻双方有足够的时间去冷静思考和反思，看看是否真的需要离婚。在分居期间，夫妻双方可以考虑相互沟通和调适，寻找解决问题的办法，也可以考虑离婚后生活的各种情况。
此外，分居期间还可以解决一些财物、子女抚养权、财产分割等具体事宜，给夫妻双方留出足够时间去约定和协商。这可以保障夫妻双方的权益，也可以避免在协议离婚过程中出现不必要的争议和矛盾。
综上所述，协议离婚要分居半年主要是为了保障夫妻双方的权益和避免莫名其妙的离婚。这也是协议离婚的一种方式，要求夫妻双方在分居期间沟通和反思，以保障双方的利益。在离婚过程中，夫妻双方都可以把握好这段时间，共同商讨和协调，让离婚更加和平、友好。
