孩子非亲生离婚协议涉及的问题主要按照两个方面进行考虑，分别是法律角度和道德角度。
从法律角度来看，如果离婚的双方已经知道孩子的亲生父亲并且得到了他的同意，那么就可以按照离婚协议进行约定，且协议的内容应当要注明这个孩子是非亲生的。当然，如果离婚的双方财产分割或子女抚养权争议等问题也应该在离婚协议中进行约定。但是，如果离婚双方无法取得孩子生物父亲的同意，这个情况下应该参考当地法律规定处理这个问题，不能自行进行约定。
从道德角度上看，离婚是一场家庭破裂的过程，对于孩子的微小心灵伤害可能是不可避免的。对于孩子非亲生这个问题，离婚的父母首先要明确自己的内心，认真处理好以前所处的感情纠葛，不应该将孩子作为自己情感上的发泄物。在孩子非亲生这个问题上，他们应当站在孩子角度，善待孩子并尽量减少孩子的伤害。如果双方已经知晓了孩子非亲生这个事实，应该以适当的年龄来告诉孩子，让孩子在知晓真相的同时找到理解，心理平衡。
总之，在孩子非亲生离婚协议问题上，父母应当按照合法，道德的标准来处理问题，为孩子的成长留下一个良好的营地。
