如果夫妻双方在离婚协议中已经达成了对不动产的分配协议，那么可以按照协议进行办理不动产证。
具体流程如下：
1.按照离婚协议中规定的比例或者方式进行房产的拆分或者转让。
2.书写不动产权利人、产权份额，提出不动产登记申请。
3.到当地的房地产登记中心，提交必要的申请资料，包括离婚协议、经过公证的离婚协议、房屋买卖合同、身份证等。
4.在登记中心进行申请审核和受理，由审核人员核对资料的真实性和完整性。
5.经过审核后，登记处会给出不动产证的领证时间和地点，由申请人在规定时间内前往领取不动产证。
需要注意的是，离婚协议必须是经过公证的，否则无法作为不动产分割依据。此外，如果夫妻双方对于不动产分割仍有分歧，可以寻求法律途径，由法院判决分割方案。
