西安高新区协议拆迁是合法的，但也存在一些问题和争议。
首先，协议拆迁的合法性源于《中华人民共和国城乡规划法》和《中华人民共和国城市房地产管理法》等法律法规的规定，根据这些法律规定，当地政府可以依据公共利益需要对土地进行征收拆迁，并与被征收拆迁的居民签订协议，以达成双方的共识和协议。
其次，协议拆迁也需要遵守相关程序，比如需征求居民的意见、组织公示、公开听证等，确保协议拆迁的公正、合法、合理性。
但是，实际中协议拆迁也存在一些问题，有些居民可能被强迫签署协议，签订的协议存在一些不合理或不公正的条款，居民的合法权益未得到充分保障。另外，有些协议拆迁未能充分考虑居民的生计和住房需求，导致一些居民遭受了经济、生活和情感上的重大损失。
因此，在进行协议拆迁时，需要更加注重居民的合法权益和利益，加强协议的公开透明性和诚信性，在确保公共利益的前提下，尽可能减少居民的损失，才能最大程度地保障拆迁过程的合法性和公正性。
