法院协议离婚是夫妻双方根据自愿原则，经过协商达成离婚协议后，向人民法院申请办理离婚手续。下面是具体办理流程：
1.协议制定：夫妻双方应当对离婚协议中的内容达成一致，包括财产分配、婚姻债务分配、子女抚养等问题。
2.起诉：双方协议书必须写明离婚原因及双方签字或指纹彩色复印件，经公证或人民调解委员会确认后保留一份备案。夫妻双方带上身份证等相关资料到人民法院提起离婚诉讼。
3.开庭审理：人民法院受理起诉后，将通知双方前来庭审。法官听取双方的陈述，询问是否确实愿意离婚及协议书是否属实，确认离婚协议是否真实有效。
4.判决：经确认离婚协议真实有效后，人民法院进行离婚判决，判决内容包括财产分割，子女抚养及赡养、探望等问题。
5.公证：最后，离婚协议真实有效的，需要到公证处办理公证手续。
需要注意的是，离婚协议书须经过公证以保证合法有效性，如果双方未签字、未公证、无法达成协议书，则必须经过司法程序处理。同时，离婚后双方需要遵守执行离婚协议书内容。
