整村搬迁协议本身并不违法，但是在拆迁过程中，如果存在强制拆迁、未按照程序征收补偿、强制签订搬迁协议等违法行为，则是违法的。
首先，搬迁协议必须是自愿签署的，没有任何强迫、胁迫等行为。如果存在迫使签署协议的情况，这是不合法的。
其次，拆迁过程中需要按照程序进行征收补偿。征收补偿应该按照市场价给予合理的补偿，而不是低于市场价或者“先修后付”的方式进行。如果有政府部门或者拆迁公司未按照合法程序进行征收，则是违法的。
最后，强制拆迁是非常严重的违法行为。当地政府应该尽可能避免强制拆迁，而是通过协商、谈判等方式与居民达成共识，使得拆迁过程更加和谐、公正。
总的来说，整村搬迁协议并不是违法的，但是在拆迁过程中，如果存在强制拆迁、未按照程序征收补偿、强制签订搬迁协议等违法行为，则是违法的。因此，当地政府和拆迁公司需要严格按照法律程序进行拆迁，保障居民合法权益。
