分居协议和离婚都是夫妻关系终止的方式，但二者之间存在着一些本质的不同。
分居协议是指夫妻双方在婚姻关系还存在的情况下，为了解决一些婚姻中可能出现的问题，达成一种协议性的协议，就是分居协议。在这个协议中，夫妻双方相互约定，可以分开生活，但仍然维持婚姻关系不变。分居协议一般是由夫妻双方商定，可以制定一些具体的规定，如分居期限、分居地点、财产归属等。
而离婚是夫妻双方协议或者法院判决后，正式解除婚姻关系的一种方式。离婚意味着夫妻双方不再是夫妻关系，不能享有夫妻关系所带来的权利和义务。在离婚中，往往需要解决的问题包括：财产分割、抚养子女、赡养老人、探视权等。双方都要签署离婚协议，或者经过法院判决才能真正达成离婚协议。
因此，分居协议与离婚的区别在于：分居是一种暂时的解决问题的方式，夫妻仍然保持婚姻关系，而离婚则是彻底解除夫妻关系的协议性协议，夫妻关系最终解除。在某些情况下，分居协议也可以是离婚的一种准备，因为两者都是为了解决婚姻中出现的问题，不同的是解决问题的方式和结果。
