根据我国《婚姻法》的规定，协议离婚需要双方共同到达协议并向司法机关进行申请，经过审查确认后才能生效。至于在哪个市进行申请，则没有明确的规定。因此，在别的市也是可以办理协议离婚的。
但是要注意，不同地区的司法机关对于协议离婚的审查标准可能存在差异。比如，在一些地区，审查会更加严格，对于申请材料的真实性、双方协议是否真实有效等方面会进行更加细致的审查。因此，如果选择在别的市进行申请，建议提前咨询当地的司法机关的相关政策规定，并准备好完整齐备的申请材料，以免耽误办理进度。
总之，协议离婚可以在别的市进行申请，但需要注意不同地区审查标准的差异，提前了解相关政策规定，并准备好完整齐备的申请材料是非常必要的。
