农村宅基地证主要由县级人民政府土地管理部门负责办理。根据《中华人民共和国土地管理法》第六十七条规定，县级以上地方人民政府土地行政主管部门和乡、镇人民政府土地资源管理部门是宅基地的管理和监督机构。因此，农村宅基地的办证工作通常由县级人民政府土地管理部门牵头进行。
具体来说，农村宅基地的办证过程需要进行以下步骤：
1.土地使用权申请：农村居民在宅基地上建房需先向当地镇（街道）或村委会或村集体申请土地使用权，并提交相关证明材料。
2.审核并发放宅基地证：县级人民政府土地管理部门对土地使用权申请进行审核，经批准后向申请人发放宅基地证，该证明了土地归属、使用期限等信息。
3.领取房屋建设许可证书：申请人在取得宅基地证后，需向当地房屋建设部门申请建设许可证书，证明所建房屋符合规划、设计、施工等相关要求。
总之，农村宅基地办证涉及多个部门之间的协作，需要申请人在收集好证明材料后向相关部门逐一提出申请，以确保申请流程的顺畅性和证书的及时领取，开展正常的农村宅基地建设工作。
