根据《中华人民共和国婚姻法》第二十八条规定：夫妻一方要求离婚的，人民法院应当依法准许。分居满二年的，可以视为夫妻感情确已破裂。
因此，分居满两年，可以作为夫妻感情破裂的证据，申请离婚的一方可以向法院提出离婚申请。在处理离婚案件中，法院会根据实际情况考虑给予哪方抚养权。
抚养权的判定，应当以未成年子女的利益和健康为主要考虑因素。法院会考虑父母的经济能力、父母对孩子的关爱、对孩子教育的关注度以及孩子的心理发展等各方面因素综合判断。如果判定妻子更有能力照顾孩子，那么妻子可能会获得抚养权；反之，丈夫则可能会获得抚养权。
总之，分居满两年的情况下，可以向法院申请离婚。在离婚案件中，法院会根据实际情况考虑给予哪方抚养权，并以未成年子女的利益和健康为主要考虑因素。
