是的，离婚协议会存档。一般来说，在离婚协议签订后，双方需要将协议提交给相关部门进行备案，包括民政局、法院等，以证明双方已经达成协议并按照协议的规定行事。这些备案文件也会被存档，以备后续需要查阅或使用。同时，在离婚协议中，双方应该明确协议内容、要求及约定，对财产分割和子女抚养等问题都应该做出明确的规定。这些约定可以保障双方的利益，同时也可以避免在离婚后出现纠纷。因此，需要通过存档离婚协议来保证协议执行的有效性，同时也是对协议达成的确认和认可。需要注意的是，离婚协议的存档时间会因不同地区的规定而有所不同，一般在5年以上，涉及较大财产的情况下可能会长达10年以上。 建议夫妻在离婚时，要合理规划分割财产和子女抚养问题，并在离婚协议中明确约定。同时，协议的存档也是必要的，可以防止因为丢失、损毁协议等问题对自己的权益产生影响。
