如果当事人在离婚案件中达成调解协议，但最终执行协议的一方不履行协议，另一方可以根据法律规定进行起诉并要求执行协议。
具体操作流程如下：
1.准备好调解协议书和相关证据
调解协议书是离婚当事人在调解过程中达成的协议书，包括离婚协议、财产分割协议、抚养协议等内容。当事人在起诉执行协议书前，需准备好调解协议书、离婚判决书、财产证明、抚养证明等相关证据。
2.向法院提起诉讼
当事人可以向离婚时管辖的基层人民法院提起诉讼，要求对协议书进行强制执行。提起诉讼需要提交协议书、相关证据材料以及诉讼状等文件。
3.法院受理案件
法院收到诉讼材料后会进行审查，如申请符合法律规定则受理并发出传票通知另一方。受理之后，法院会通知双方出庭进行庭审。
4.庭审和判决
在庭审中，双方需要提交证据材料，对协议书达成的内容进行解释和说明，法院将对证据材料进行审查，听取双方意见，并最终作出判决。如果判决有异议，双方可以进行上诉。
总之，在起诉执行协议书时需要准备好调解协议书和相关证据，向法院提起诉讼，经过庭审等程序后，法院最终作出判决。需要注意的是，在离婚案件中达成调解协议时，双方必须认真履行协议，避免产生后续纠纷。
