如果两人结婚后有孩子，则在离婚或分居时决定孩子的抚养权会更加复杂和敏感。在决定孩子的抚养权时，法院会先考虑孩子的最佳利益。如果两个父母在决定孩子的抚养权方面无法达成一致意见，则法院将根据以下因素做出决定：
1. 孩子的年龄，健康状况及发展需求。
2. 父母的精神和情感状态，如是否敬重孩子、是否可以为孩子的需要而做出牺牲。
3. 父母之间的相互关系以及父母对孩子的感情关系。
4. 父母对孩子的照顾情况和能力，如谁能够提供更好的家庭环境和教育资源。
5. 孩子生活的稳定性和连续性，如孩子是否需要转换学校、居住地点等。
当然，父母无论是离婚、分居、非婚生子母亲和生父母亲，都有与孩子建立关系的权利。父母也可以通过自己的协议来约定孩子的抚养问题。在这种情况下，若法院确认该协议符合孩子的最佳利益，则该协议将作为抚养安排的依据。
总之，在决定孩子的抚养权时，法院会坚持以孩子的最佳利益为出发点，考虑到孩子的各方面需求和利益，以制定最合理的抚养安排。
