农村宅基地地下室的合法性在一定程度上取决于该地下室的设计和建造是否符合当地规划、土地利用以及房屋建设等法律法规的要求。一般来说，如果合法建造，农村宅基地地下室是可以合法存在的。
具体来说，在建造农村宅基地地下室时，应当首先查明当地的土地性质、土地用途以及相应的规划要求。如果查询结果允许建造地下室，其所占地面积和层数应符合规划要求，建筑标准也应符合当地的相关建筑规范。
此外，在建造农村宅基地地下室时，还需要注意以下问题：
1.保证采光通风。农村地下室处于地下位置，如果设计不当，可能导致采光不足、通风不畅，对健康产生影响。
2.保证建筑安全。农村宅基地地下室一般都是在住宅之下，所以建筑安全非常重要，必须遵循地基设备施工标准和基础强度要求。
3.申请建设资质。必须依照规定申请土地使用权，并按照相关建筑规范和审批程序进行土地使用权转让。
综上所述，如果农村宅基地地下室建造符合相关法律法规和规划要求，是可以合法存在的。但是，因为不同地区可能有不同的规范和标准，因此在建造之前一定要认真研究当地的相关规定，以规范建设行为，确保地下室的合法性。
