在北京，拆迁协议可以作为纳税人申报房屋出售时的原始凭证，但不能抵扣房屋税。因为房屋税是根据商品房的交易价格来计算的，与房屋的拆迁或其他出售方式并没有必然的联系。
房屋税是指纳税人在房屋交易中支付的税款，包括契税、营业税、个人所得税等。房屋出售属于非经常性损益，根据税法规定，纳税人在计算个人所得税时可以凭拆迁协议等原始凭证来证明房屋的实际交易价格。但拆迁协议并不能直接作为抵扣房屋税的凭证，也就是说纳税人仍需按照实际交易价格交纳税款。
需要注意的是，在拆迁协议中获得的补偿款项（包括安置费、搬迁补助等）视为纳税人的税前收入，应按照规定申报缴纳所得税。另外，对于某些特殊情况下的补偿款项，如补偿土地使用权、补偿抵押权等，还需依据不同情况作出不同的税收处理。
综上所述，拆迁协议可以作为房屋交易的原始凭证，但不能直接抵扣房屋税。纳税人在申报房屋出售的个人所得税时，应按照实际的交易价格进行计算，并且需同时申报缴纳所得税。
