南京离婚协议赔偿问题，主要取决于双方当事人达成的协议内容。在离婚协议中，双方可以约定分配夫妻共同财产，以及对方方的经济赔偿等问题。下面是一些常见的赔偿方式：
1、对夫妻共同财产进行分配
夫妻在婚姻中所购买的房产、存款、车辆等共同财产，在离婚时可以通过协商分配。根据双方情况，可以分别占有、分割或出售。
2、支付经济赔偿
如果有一方在婚姻中付出了较大的代价，那么双方也可以协商支付经济赔偿。例如，在家庭中主要承担了家务劳动，没有自己的工作，那么在离婚后，可以协商支付经济补偿。
3、赔偿孩子教育费用
如果夫妻离婚后，有未成年的孩子，协议中可以约定由谁支付孩子的教育费用。当然，这样的协议需要考虑到孩子的实际教育需要。
总的来说，在南京离婚协议中，赔偿问题需要根据具体情况协商解决。双方应该以公平、合理的方式，达成双方都能够接受的协议内容。当然，如果双方的协商不能达成任何共识，也可以通过司法途径解决。
