如果男方拒绝协议离婚，女方应该采取以下措施：
1. 沟通和谈判：首先，女方应该跟男方进行积极的沟通和谈判，尽可能地解决问题，并找到共同的解决方案。如果男方有什么不满或者担忧，女方可以耐心听取并寻求解决方案。如果能够就离婚问题达成协议，便可避免走法律程序。
2. 律师介入：如果男方坚持不同意离婚或者拖延时间，女方可以找律师介入。律师可以帮助女方了解相关的法律条款和程序，进一步采取合法的措施来解决问题。女方也可以寻求法律上的帮助，利用司法程序来解决分歧。
3. 法庭申请：如果沟通和律师介入都无法解决问题，女方可以向法院申请提起诉讼。法院将会进行调解，在聆讯和调解之后，如果男方依旧不同意离婚，法院会考虑其他解决方案，例如: 案件调解、强制执行、撤销共同财产等。
4. 找心理医生： 如果分居期间该男方表现出任何情绪失控、对女方进行恐吓等暴力行为，女方应该尽量避免直接交涉，而应该寻找专业心理医生的帮助，以便于更好的掌握形势。
总的来说，女方应该保持冷静，寻求合适的解决方案，同时利用司法程序来保护自己的合法权益。不过，在这个过程中，女方应该尽可能避免情绪化和做出过激的决定，因为这样可能会让双方的关系更加紧张和复杂。
