事实婚姻指的是没有进行正式结婚登记的情况下，两个人自愿生活在一起，并且已经形成了实质上的婚姻关系。在这种情况下，像正式结婚那样签署一份婚姻协议来规范彼此关系是一个很好的选择。不过对于事实婚姻协议离婚是否有效的问题，还需要进一步探讨。
首先，需要明确的是，虽然没有进行正式结婚登记，但在法律上，事实婚姻关系同样受到保护。因此，如果双方签署了婚姻协议，由于其具有合同性质，因此在双方自愿并且事实婚姻关系中有效的情况下，是可以起到规范彼此关系的作用的。在协议中可以规定财产、债务等事项。
其次，如果双方决定终止事实婚姻关系，应该通过签署离婚协议来解决分配财产、抚养子女等问题。但是需要注意的是，离婚协议只能解决事实婚姻关系中双方的权利和义务，而不能解决不合法的问题，比如没有合法身份证件等。
最后，需要提醒的是，事实婚姻协议离婚的有效性还需要根据国家法律法规来具体判断，不同国家或地区的法律规定不同，需要结合具体情况综合判断。
总的说来，事实婚姻协议离婚是可以起到一定作用的，但是需要注意其法律效力和具体情况。如果您遇到了事实婚姻协议的问题，建议请教相关法律专业人士的意见。
