根据《城乡规划法》和《宅基地条例》的相关规定，宅基地的建设必须符合国家、省、市、县的规划和土地利用总体规划，并由有关部门审查、验收。宅基地的建设必须符合土地利用、规划、建筑、环保等方面的相关法规和标准，同时保障农民自愿自建、免费分配、使用不得转让。
具体来说，农村宅基地建二层是否合法，一般要考虑以下几个因素：
首先是土地规划因素，宅基地所在的村庄是否允许建设二层及以上建筑，并且宅基地所在的土地利用性质是否符合建设二层及以上建筑的要求。
其次是建筑设计因素，建设二层及以上建筑是否符合相关建筑设计标准，例如建筑高度、荷载等。
最后是法律因素，建设二层及以上建筑是否符合相关法律法规的规定，例如消防安全、环保等方面的要求。
总体来说，如果农村宅基地所在地的土地规划允许建设二层及以上建筑，建筑设计符合相关标准，同时符合法律法规的要求，那么建设二层及以上建筑是合法的。但需要注意的是，农村宅基地的建设是受到严格监管的，所以在建设过程中一定要符合相关要求和标准，并经过有关部门的审查和验收。
