如果需要修改已经签订的离婚协议，南京市民可以采取以下步骤：
第一步：了解法律规定。根据《中华人民共和国婚姻法》和《中华人民共和国民事诉讼法》等法律法规，离婚协议一旦签署，就具有法律效力。但在某些情况下，协议需要修改，比如双方发现当初协议内容不合理或者双方协议的情况发生改变等。此时需要依据法规，对协议进行修改。
第二步：协商解决。一般情况下，如果双方对协议内容的修改达成共识，可以直接在原协议上标注修改内容，双方签字确认即可生效。如果协议修改无法达成共识，可以寻求第三方中介，如律师或调解员等，发挥协调作用，解决双方争议。
第三步：申请司法程序。如果经过协商后仍然不能解决争议，可以向法院提起诉讼。在南京，法院会根据情况进行简裁、普通诉讼或者小额诉讼等方式进行审理，最终出具司法裁决或调解书。而再婚或者其他复杂情况下，需要到公证员那里办理家庭财产公证。
总之，对于需要修改离婚协议的情况，南京市民必须要明确法律规定，与对方达成协议并且进行书面确认，无法协商之后再通过司法程序解决。此外，在以上过程中，纠纷调解员、民事仲裁员等专业人士的帮助也非常重要。
