南京修改离婚协议需要咨询南京市司法局民政处，因为离婚协议涉及民事诉讼，属于司法范畴，需要得到法律部门的指导和帮助。
具体操作流程如下：
1. 准备相关材料：原离婚协议书、修改协议书、身份证明等。
2. 前往南京市司法局民政处，在接待员的引导下，填写《民事调解/协议变更申请书》。
3. 领取相关表格，填写司法局规定的文本格式，确保内容准确无误。
4. 递交申请书和其他材料，缴纳相关的申请费用。
5. 等待法律部门审核并反馈。
需要注意的是，修改离婚协议需要满足一定的条件，比如双方当事人自愿修改、修改内容合法合理等等，只有满足条件才能够被法律部门予以通过。
总之，南京市司法局民政处是处理离婚协议修改的专业机构，当您需要修改离婚协议时，可以前往该部门咨询并办理。
