在协议离婚中清算家产分配主要遵循以下原则：
1. 签署协议前需充分了解所有财产状况。在分割财产前需要了解数量和价值，尤其是房产、车辆、储蓄、投资和债务等。
2. 公平原则。由于夫妻双方在婚姻中共同努力，共同贡献，所以财产应在协商时公平地分配。
3. 婚姻期间的债务应共同承担。在清算家产期间，夫妻双方应共同承担婚姻期间的债务，确保两人能够平等分摊责任。
4. 查询合法性。如果一方在离婚前未查询过房产、车辆等其他资产的合法性，需要在分配家产时予以查询，以确保离婚后不会对自己造成经济损失。
为了确保分配过程的公正性和合法性，夫妻双方可选择在律师和公证处的帮助下协商并签署法律协议，以保护双方的利益。此外，协议离婚还应遵守相关法律规定，以确保协议的合法有效性。
