离婚协议是指双方在离婚时达成的一份书面协议，其中包括各项离婚事宜的约定。如果离婚双方有共同经营的公司，则需要在离婚协议中对公司的分配、管理等进行规定。具体来说，应当注意以下几个方面：
1. 公司权益分配
离婚双方应基于公司实际价值和各自对公司的贡献，达成公正的分配协议。可以根据公司权益的比例进行分配，或者约定一定的赎回方式，使每方能够获得合理的经济利益。
2. 公司管理约定
离婚后，公司的运营和管理应由一方或双方共同负责。在协议中需约定公司的管理方式、决策机制、工作职责等，避免在未来的经营中发生争议。
3. 公司负债处理
离婚双方应针对公司的负债情况，约定清偿方案。如公司有一定的借款，离婚后的还款方式及责任应有明确规定，避免因债务问题发生纷争。
4. 公司经营权问题
除了公司权益的分配外，还需规定离婚后各方的公司经营权。需要明确各方对公司的控制权、解除合作协议的程序等，以避免在经营过程中出现过多的纷争和矛盾。
总之，在离婚协议中涉及到公司的具体条款应当充分考虑到各方利益和公司实际情况，尽量做到公平公正，科学合理。如有需要，应当寻求法律专业人士的帮助，以确保协议的合法性和可执行性。
