军婚协议离婚相对于普通民事离婚有着一些不同之处。在军婚协议中，夫妻双方需要遵守军队相关法规和规章制度，因此离婚时也需要遵守相关的规定和程序。
首先，离婚双方需要向所在部队的军事法院提出离婚申请，并提交军婚协议书。军婚协议书必须经过军队法律咨询机构的审核，确认其合法性后才能进行后续的离婚程序。
其次，军婚协议离婚并不像普通离婚那样需要经过民政局或人民法院的审批和登记，而是需要向所在部队的军区司法局申请办理离婚手续。如果双方没有孩子，则可以在申请提交后的7个工作日内领取离婚证明；如果有孩子，则需要提交相关的抚养协议，经过审核后才能领取离婚证明。
最后，军婚协议离婚还需要注意一些特殊情况，比如其中一方为士官或军官，他（她）的离婚可能会影响到职务晋升、调动等方面的问题。此时，离婚申请需要受到单位上级领导的审批，才能获得批准。
总之，军婚协议离婚需要遵守军队相关法规和规章制度，申请离婚前需要了解相关的手续和程序，以及可能遇到的特殊情况，尽量避免出现不必要的问题和纠纷。
