拆迁协议是指在城市中对被拆迁的房屋及其它财产（如土地、树木等）进行补偿并达成一致意见的协议。由于拆迁协议涉及到大面积土地资源、经济利益、社会稳定等重要因素，其存档通常需要由多级政府一同参与管理。
首先，根据我国《城市房屋拆迁管理条例》规定，拆迁协议必须经由当地主管部门审核并予以批准后方可执行。因此，在地方政府层面，拆迁协议的存档通常由国土资源部门或房屋管理部门专门管理，以确保拆迁协议合法、公开、透明。
其次，在省级政府和国家层面，拆迁协议也需要进行备案。在建筑领域，地方城乡规划部门需将拆迁记录上报至省级城建部门，并由省级城建部门集中存档备案。此外，国土资源部门还需建立土地利用档案以保障土地管理、流转和监管等工作的有序开展。
除了政府部门，拆迁协议存档中还涉及到公证机构的管理。为使拆迁补偿更加公正、透明，拆迁协议需要由公证处出具公证书。公证处是国家机关，拥有独立的公证权。公证机构对已公证的协议保管责任重大，必须妥善存档，以备证明。
综上所述，拆迁协议存档涉及到国土资源部门、房屋管理部门、城乡规划部门、国家公证处等多个政府和非政府机构的管理。在拆迁协议存档过程中，政府应加强监管、定期审查，确保拆迁协议的存档真实、完整、安全，并促进拆迁补偿的公正、合法实施。
