南京男方抚养权变更需要经过一定的程序，具体如下：
1、提交申请：父亲（男方）需要到南京市公证处或民政局申请变更抚养权手续，提供申请表、身份证、户口簿、亲属关系证明等相关证件。
2、协商调解：公证处或民政局将召集双方家长进行协商调解，如协商不成则进入司法程序。
3、法院审理：男方需要向南京市法院申请变更抚养权，提供相关证据材料，并经过法院审理后才可得到抚养权。
需要注意的是，变更抚养权需要符合国家法律法规的相关规定，例如在儿童父母离婚之后，根据孩子的实际情况、双方的经济能力、居住条件等因素进行判断决定抚养权，切忌一个人的主观意愿而忽略了孩子的利益。
