协议离婚是指由夫妻双方自愿协商，达成离婚协议后，向法院申请离婚，并经过法院审查确认，最终达成婚姻关系解除的一种方式。但是如果夫妻之间存在重大矛盾，导致无法协商达成离婚协议，就需要通过其他方式进行离婚。
首先，如果夫妻之间存在复杂矛盾，需要寻求法院判决裁决的，可以通过诉讼离婚的方式进行。诉讼离婚是指由一方或双方向法院起诉，由法院依法进行审理，作出裁决，最终达成婚姻关系解除的一种方式。在诉讼离婚过程中，夫妻双方需要提供证据支持自己的诉讼请求，如有需要还可以聘请律师代理。
其次，如果夫妻双方关系尚未破裂到离婚的地步，但双方希望分居，可以通过协议分居的方式进行。协议分居是指夫妻双方自愿达成分居协议，约定分居期限、分居原因、抚养子女等相关事项，并向当地居委会、公安派出所等部门进行备案。在分居期间，夫妻双方可以自由处理自己的财产，但不能再进行共同财产的买卖、转移等交易。
最后，如果夫妻双方未达成离婚协议或者未进行诉讼离婚，也未进行协议分居，而是直接分居数年，可以通过书面申请，向当地人民法院申请离婚。申请离婚时需要提供分居期间的具体情况、分居原因以及财产分割方式等相关证明材料。根据情况，法院会对离婚事宜进行审查，并进行婚姻关系解除的裁决。
综上所述，协议离婚并不适用于所有夫妻。如果夫妻之间的矛盾比较严重，无法达成离婚协议，那么可以选择诉讼离婚、协议分居或直接申请离婚等方式解决问题。在处理婚姻关系时，夫妻双方需要保持理性，遵守法律规定，并尽可能减少争吵和纷争，以便尽快解决问题，结束婚姻关系，开始新的生活。
