结婚证是合法的结婚证明，如果不慎遗失了，一般需要重新申请办理。但是，即使结婚证掉了，也不影响协议离婚的进行。
在协议离婚的过程中，双方可以书面达成协议，列明离婚的原因、分财产、子女抚养等事项，并签字盖章确认。结婚证是一种证明身份的文书，对于协议离婚并不是必要的证明文件。如果一方或双方都没有结婚证明，仍然可以通过法律途径解决离婚的问题。
当然，在协议离婚时，如果双方有其他亲属、朋友等可以作为证人出示相关证明文件，会更便于司法机关认可离婚协议的有效性。此外，如果双方签订的离婚协议涉及子女抚养、财产分割等涉及具体法律条款的问题，建议咨询专业律师提供帮助。
总之，结婚证掉了并不会影响协议离婚的进行，只要双方依法手续办理完毕，将离婚协议公证或提交法院进行审批，就可以顺利离婚。
