部队离婚协议是离婚双方经过协商后达成的一份协议，因此对于协议的内容以及效力均需要依照法律的规定进行处理。一般情况下，部队离婚协议是需要进档案的，但具体情况需要根据实际情况而定。
首先，根据我国婚姻法的规定，离婚协议必须经过民政部门的公证，才能具有法律效力。在部队离婚协议中，双方需要公证员的在场下才能签署协议。因此，由于离婚协议已经公证，所以部队离婚协议必须进入档案中。
其次，根据部队内部管理规定，所有涉及婚姻家庭问题的重要文件和资料都需要进行备案和归档，部队离婚协议也不例外。部队离婚协议的归档，可以帮助管理部门对离婚双方的情况作出更好的把握，更好地维护部队内部的稳定和安全。
最后需要注意的是，部队离婚协议是一份重要的文件，涉及到离婚双方的财产、子女抚养等方面，因此应该妥善保管，避免遗失或被泄露，保护双方合法权益。
综上所述，部队离婚协议是需要进入档案的。离婚双方应该认真履行协议的条款，遵守法律规定，保护自己的权益和尊严，同时避免给部队内部安定和谐带来不良的影响。
