部队离婚协议可以被作废，但是需要符合一定的条件。首先，必须存在协议的不公平性或者无效性。如果协议的内容不符合法律法规，例如离婚协议违反了《婚姻法》的规定，那么协议就是无效的。此外，如果离婚协议中的内容存在重大不公平性，例如财产分配等方面，也可以被指定为无效协议。
其次，如果双方达成协议时其中一人未能完全了解所达成的协议的重要内容，也可以作为无效的理由。对于部队成员来说，如果他们在协议签署时存在被动的情况，例如受到上级的压力或者处于弱势地位，那么离婚协议也可以被视为无效，需要重新进行协商。
最后，如果离婚协议中的内容明显违反了公序良俗，例如变相剥夺对方合法权益，或者涉及到未成年子女的抚养问题，也可以被认为是无效的离婚协议。
总之，离婚协议虽然是离婚的重要组成部分，但不代表一定是有效的。如果协议的任何一方认为协议存在不公或者无效，就可以向法律部门申请对离婚协议的作废。
