农村宅基地被埋坟属于一种比较特殊的问题，需要特别注意。为了保持尊重和尊严，处理方式需要符合相关法律法规和道德伦理。以下是具体处理方式：
1.首先，需要与当地村委或宗教机构取得联系，咨询合适的处理方法。他们有可能建议搬迁墓地或者进行其他适当的安置方式。
2.其次，要了解和遵守相关法律法规的规定。如果墓地是合法的，那么不能随意迁走。如果墓地是违法的，那么需要向相关部门举报并协助部门处理。对于宅基地的保护和利用也有相关规定，需要遵守。
3.安置亡灵遗体。如果墓地不能迁走，需要考虑进行安葬仪式。需要注意的是，要尊重故人，尽量不要对其遗体进行伤害或破坏。
4.进行土地复垦。如果墓地已经被安置妥当，可以进行相应的土地复垦工作。可以考虑种植果树或者其他经济作物，充分利用土地资源。
总之，农村宅基地被埋坟是一个比较复杂的问题，需要充分考虑亲情和法律法规的关系，尊重故人和生者。最终目的是保护好宅基地和墓地的合法权益以及生态环境的健康。
