如果您的妈妈是拆迁房屋的合法业主，那么在拆迁补偿协议中写上她的名字，是完全有效的。协议是一种法律文件，需要遵守相关法律规定才能生效。在拆迁过程中，拆迁方需要与业主签订协议，协议中需要明确拆迁房屋的所有权，拆迁的原因、方式、时间以及拆迁补偿等相关事项。
在协议中写下业主的姓名，即表明其对于该房产的所有权，这是基本的法律要求。写下业主的姓名，能够确保拆迁方在后续的拆迁过程中，能够正确并准确的执行相关拆迁程序。
同时，拆迁协议中还需要明确拆迁补偿的方式和金额。拆迁补偿金额应根据政策规定、房屋面积、房龄、使用性质等因素进行评估，并与业主进行确认，确保业主能够合理得到相应的补偿金。
最后，拆迁协议需要在当地政府的相关部门进行备案，确保协议能够得到有效的监督和保障。只有签订了备案的拆迁协议，相关权益才能得到保障。
总之，在拆迁补偿协议中写下业主的姓名是非常重要的一步，只有合法业主的权益得到有效保障，才能避免后续的纷争和纠纷。在签订协议时，切记认真阅读、理解协议内容，遵守相关规定，确保自己的合法权益得到充分保障。
