厦门离婚协议档案主要保存在厦门市民政局相关部门。在离婚协议签订后，各方需要将协议书提交给当地的民政部门进行备案，这也是最基本的法律程序。备案后，协议书成为了一份具有法律效力的文件，因此非常重要。如果需要查询、复制或者更新协议内容，应该联系当地的民政局相关部门。
此外，协议书也可以在双方约定的代理律师处进行保管。代理律师可以对协议书进行保存、备份以及管理等工作。在某些情况下，律师还可以对协议进行修订、修改并重新签字备案。不过，这种方式需要双方之间的合作和沟通，需要相互信任和遵守法律规定才能有效地运作。
总的来说，离婚协议是离婚过程中非常重要的文件，应当妥善保管。在签订协议书后，需要尽快提交至民政局进行备案，并保留一份原件。如果有需要，可以在安排好时间前往民政局或者联系代理律师进行查询或复制。
