协议离婚的两年等待期是由《婚姻法》所规定的，其目的是为了保障离婚双方的权益，从而避免因情绪冲动而产生的过于激烈的行动，进一步损害双方和孩子的利益。
首先，离婚是一件重大的事情，它牵涉到家庭财产、子女抚养等问题，需要在冷静的状态下做出决定。而两年的等待期，为双方提供了足够的时间去深思熟虑，让他们在分析，评估自己的想法和决定之后再作出决定，降低决定的情绪性，从而减少自己对自己和家庭的伤害。
其次，等待期也给了双方更多的时间去修复关系，协商解决分歧，减少离婚的可能性。在这个期间内，离婚双方可以试着去沟通和协商，发现问题、解决问题，和谐地生活和发展等方面的问题。也有很多的离婚夫妻在等待期内，通过共同的寻找、学习、思考，最终修复了婚姻，可以说等待期是双方反悔、复婚的有效阀门。
最后，等待期的设置，也是为了确保在离婚前会为双方的子女以及财产等方面做好充足的准备。离婚带来的财产等问题，如果在双方情绪高涨的情况下解决，很可能会导致过于激烈的冲突和对双方更大的伤害。同时，对于子女等因素的考虑，等待期也会使双方有足够时间进行协商，为子女和财产分配等问题做出合理安排，避免旷日持久和不和谐的解决方案。
因此，协议离婚两年等待期是必须有的，它能在一定程度上保障离婚双方的利益，避免冲动离婚，同时也鼓励双方大量的沟通合作，达到一个最终双方满意的解决方案。
