拆迁安置房直接扣除房款的做法主要是指拆迁单位为了解决被拆迁户的住房问题，在给予其一定补偿后，在其所在区域内重新分配房屋作为安置房，然后在被拆迁户的补偿款中直接扣除相应安置房的房款，以此来完成拆迁安置过程。
在法律层面上，拆迁安置房直接扣除房款是合法的。《城市房屋拆迁管理条例》明确规定：拆迁补偿包括补偿房款、货币补偿、安置补偿等，拆迁补偿应当按照当地政府规定的拆迁补偿标准和程序进行支付，并应当签订书面的补偿协议或者拆迁协议。因此，如果当地政府规定了拆迁安置房直接扣除房款的做法，并且在补偿协议或拆迁协议中明确了相关条款，那么这一做法就是合法的。
但是，值得注意的是，拆迁安置房直接扣除房款虽然合法，但也存在一定的问题和争议。首先，由于拆迁安置房的价格不一定能够反映市场价值，因此可能会存在因房款与实际价值不符而导致被拆迁户的利益受损的情况。其次，由于城市规划的演变和经济环境的变化等因素，可能会导致拆迁安置房的位置和质量等方面与原有住房无法匹配，从而影响被拆迁户的居住条件和生活质量。
因此，在实施拆迁安置房直接扣除房款的过程中，需要拆迁单位、政府和社会各方面共同努力，加强沟通，确保被拆迁户的权益不受侵犯，并在安置房的质量、配套设施和服务等方面加强管理和监督，从而实现人民群众的安居乐业。
