如果离婚协议掉档案了，可能会对一方的权益产生影响，因此需要采取一些措施来处理。
首先，需要在相关部门进行查询。比如，可以在当地人民法院或民政局的离婚登记档案查询系统中查看是否有相关记录。如果查询结果显示离婚登记已经完成，那么可以再次申请获取一份复印件。
如果查询结果显示离婚登记还未完成，那么需要再次提交申请。可以到民政局重新办理离婚登记手续，并注意保存好相关证明材料，尽量避免类似情况再次发生。
另外，也可以咨询律师或公证员的意见，根据情况采取适当的法律措施，确保自己的权益得到保障。比如，可以向法院提起诉讼，要求对方履行离婚协议，或者重新达成离婚协议并进行公证等。
总之，如果离婚协议掉档案了，就需要立即采取行动，保护自己的合法权益。同时，也需要对离婚协议进行备份，避免类似情况再次发生。
