云南大理协议离婚的程序一般是先到当地的婚姻登记部门，将离婚意愿告诉工作人员，填写离婚协议书，签名，取得离婚协议书副本并提供相关证件原件和复印件，如身份证、结婚证等，然后进行审核。经婚姻登记部门的审核，如协议离婚符合法定条件，便会颁发离婚证书。
在很多情况下，协议离婚可能不是那么简单的事。如果夫妻之间关系紧张，甚至发生不可调和的冲突，则需要夫妻在司法部门婚姻调解单位进行调解、再次交涉。如果夫妻需要分割财产，则需要律师介入，协助夫妻处理相关手续。
在实际操作中，云南大理协议离婚需要注意以下几个问题：
1.离婚协议的内容必须符合法律规定，不得违反法律法规，不得损害第三人的利益;
2.离婚协议一旦签署，双方都要认真遵守，无论是财产分割还是孩子的抚养问题等都需要在协议中明确约定;
3.签署离婚协议需要双方真实仔细地进行思考，不应为一时冲动而做出错误的决定。
总之，在大理协议离婚时，夫妻需要慎重考虑自身权益、财产、孩子抚养等问题，并尽可能达成公正、合理、平衡的协议。
