针对拆迁补偿协议纠纷，建议按照以下几步进行处理：
1.首先，将纠纷明确化。例如，确切的问题是协议内容各方的不同解读，或是协议执行上的问题等等。
2.其次，核实相关证明材料，如协议文本、相关收据等等，并结合双方当事人的陈述和证据进行认真分析和甄别。
3.第三步，通过尽量协商的方式解决问题。在协商过程中，应当充分听取各方当事人的意见，严格遵守法律法规和协议规定。如果协商无法达成共识，可以考虑寻求仲裁或提起诉讼。
4.最后，根据情况采取合适的措施维护合法权益。如果仲裁或诉讼成为必要途径，应当向法院提供充分证明材料，并配合律师进行诉讼。在诉讼过程中，应当尽量与对方和解，以最终获得可行的解决方案。
总之，处理拆迁补偿协议纠纷需要谨慎分析和周密考虑，遵守法律和协议约定，尽量通过协商解决，若不行则进行仲裁或诉讼维护合法权益。
