南京协议离婚是一种相对简便的离婚方式，其办理程序如下：
1. 双方协商达成离婚协议，并签署离婚协议书。
2. 双方携带离婚协议书、身份证等材料前往当地民政部门办理离婚登记手续。
3. 民政部门进行审核，确认离婚协议书合法有效后，将颁发离婚证书。
需要注意的是，在办理南京协议离婚时，双方应严格按照协议内容执行，否则后果自负。另外，如果双方未能就财产分割、子女抚养等问题达成一致，可选择其他离婚方式进行处理。
总之，南京协议离婚比较适合双方协商一致，无争议的情况下选择。但无论何种离婚方式都应遵守相关法律规定，以确保自身合法权益不受损害。
