如果签订协议离婚时已经怀孕，填写时需要特别注意。首先，需要在离婚协议中注明女方怀孕的情况，并详细说明是否是男方的孩子、出生预产期等相关信息。离婚协议同时还需要收集医学证明，以确保怀孕事实的真实性。
在填写离婚协议时，需要注意保护未出生婴儿的权益和利益。例如，需要在协议中约定女方在生育前必须通知男方，并让男方了解并参与生育过程。此外，还需要规定未出生婴儿诞生后的监护权和抚养费用，确保未出生婴儿的权益受到保障。
另外，在协议中还需明确男方需要对怀孕期间的医疗费用、营养费用等产生的费用进行承担，以保障女方的权益。同时也要考虑未来依然有儿女父母的身份认证问题，协议在此处可以做出详细规定。
总之，离婚协议中若出现女方怀孕的情况，要反复权衡，尽可能地满足双方子女的利益，避免影响两个人未来的发展。
