女方孕期能协议离婚，但需要注意一些法律问题。
首先，离婚是需要双方自愿的，不能强行要求将一方留在婚姻中。女方孕期也不能成为拒绝离婚的理由。因此，如果女方希望离婚，可以与丈夫商量并达成协议。这个协议需要经过公证处公证，并提交法院审批。在协议中要明确财产分割、抚养子女等事项。
其次，如果女方已怀孕，需要在离婚协议中特别注明子女的抚养权问题。根据我国《婚姻法》规定，双方应当共同履行抚养、教育子女的义务。离婚时，应当由双方协商或者由法院根据实际情况判决，确定子女的抚养问题。
此外，女方孕期需要考虑到另一个问题——产假。按照我国劳动法规定，女职工在怀孕期间和产假期间（包括产前检查期间）享受工资待遇和社会保险待遇。因此，在离婚协议中需要结合这一法律规定，明确女方产假期间的抚养责任和经济赡养义务。
综上所述，女方孕期能协议离婚，但需要注意离婚协议的详细规定，特别是关于子女的抚养问题和女方产假期间的经济赡养问题。与丈夫协商时，应当注重沟通、理智决策，以保证双方和子女的权益。
